Cygwinのterminal上ではなく, ホストOSであるWindowsの環境変数を設定する必要があるそう. デスクトップ上にCygwinのホームディレクトリを置きたい場合 環境変数名： HOME パス： /cygdrive/c/Users/username/Desktop のようにWindowsの環境変数を設定する.