紙媒体で管理するとなくなりがちなのでブログで進捗などを管理することにしました
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【Cygwin】 ホームディレクトリを変更する

Cygwinのterminal上ではなく, ホストOSであるWindows環境変数を設定する必要があるそう.
デスクトップ上にCygwinのホームディレクトリを置きたい場合
環境変数名: HOME
パス: /cygdrive/c/Users/username/Desktop
のようにWindows環境変数を設定する.